L’infection urinaire ou cystite résulte de la colonisation de l’urètre, le canal permettant le passage de l’urine depuis la vessie, puis de la vessie par certaines bactéries venues de l’intestin, les entérobactéries. Il existe trois types d’entérobactéries responsables de ces infections : Escherichia coli ou colibacille, Proteus et Klebsiella. Dans 75 à 90% des cas, Escherichia coli est le pathogène en cause. Le pathogène va s’accrocher à la paroi de la vessie, et une fois installé, se multiplier. Cela entraîne alors une inflammation : la cystite.
Ces entérobactéries transitent par le film hydrolipidique entre l’anus et l’entrée du vagin. La présence de lactobacilles protecteurs dans le vagin va permettre d’éviter l’infection mais lorsque cette protection naturelle est affaiblie, c’est-à-dire en cas de dysbiose, l’environnement devient favorable à leur développement.